内蒙古自治区集中财力重点支持科技重大项目，2009年财政本级科技投入预算数为4.38亿元，较2006年增幅达到206%。其中，对重大科技项目的投入最多支持1000万元，实现了科技经费对科技项目支持的新突破。
　　
　　据了解，“十一五”以来，自治区财政本级科技投入稳步增长，特别在2006年以后，财政本级科技投入大幅度增长，促进和保障了自治区科技事业的快速发展。2006年自治区财政本级科技投入1.43亿元，2009年将增加到4.38亿元。
　　
　　为了花好用好专项经费，内蒙古还进一步加大对项目的招投标力度，并围绕自治区优势特色产业，促进产业结构调整，集中财力加大对重大项目的支持力度。2006年自治区科技专项资金仅有20%用于支持科技重大项目，2007年增加到了40%，2008年达到了45%。特别是在2007年自治区财政新设立了科技创新引导奖励资金之后，内蒙古财政厅联合科技厅，进一步加大力度，安排支持了一批科技重大项目。
　　
　　通过对科技重大项目的投入，一大批自治区优势产业争取到了国家的大批资金。像新型直线电机运输系统关键技术及装备研制、现代草原畜牧业装备与设施研制、高寒干旱地区水源热泵空调系统研发、内蒙古马铃薯产业发展中关键技术的研究示范与推广、内蒙古益生菌技术研究与产业化示范等这些具有自主知识产权和世界先进技术水平的自治区优势产业，或有望成为自治区新兴产业的高新技术项目，被列为国家重大科技支撑计划项目，争取到国家资金达1.3亿元。
　　
　　在财政科技投入不断增加的同时，内蒙古自治区财政厅、科技厅加大共同监管力度，两家共同发布项目征集指南，项目承担单位分属地管理同时报送两个部门，共同参与对项目的讨论、管理、监督。
　　
　　同时，成立重大项目管理办公室，对100万元以上的科技项目进行全过程管理，参与重大项目立项前的调研论证工作，接受委托开展重大项目的过程管理工作，包括日常跟踪检查、中期检查、验收和审计等组织工作，建立重大项目档案和数据库。开展重大项目情况的信息汇总、分析，协调处理项目实施中的重大问题等，保证重大项目按计划顺利实施。